通关口袋妖怪叶绿二周目后，游戏仍提供了丰富的挑战内容等待玩家探索。首先可以前往七岛的训练师塔，这是整个游戏中最高难度的对战设施，对手的宝可梦等级和战术配置都达到巅峰，需要精心培养的队伍和策略才能应对。华蓝市的超梦洞穴也会开放，最深处栖息着70级的超梦，捕捉这只传说宝可梦需要充分准备精灵球和状态恢复道具。
城都地区的三圣兽之一会在关东地区随机出现，具体种类取决于玩家初始选择的御三家。选择小火龙则会遇到水君，选择妙蛙种子对应炎帝，选择杰尼龟则是雷公。这些宝可梦会在地图草丛中游走，需要耐心追踪并使用喷雾剂或特定技能提高遭遇概率。名人记录仪的所有隐藏对话也会在二周目后开放，收集齐特定情报可获得奖励信件，这类支线任务能进一步丰富世界观细节。
二周目通关后还可前往之前被卡比兽阻挡的区域，例如2号道路和12号道路，使用怪兽笛唤醒它们后能探索新地图并捕捉稀有宝可梦。七岛任务线会完全解锁，包括灯火山红宝石任务、岛五仓库密码破解等，这些任务通常涉及火箭队残党对战和道具收集。玩家可以尝试挑战全明星训练家大赛，与游戏中最强的NPC训练师连续对战，检验队伍的综合实力。
除了超梦和三圣兽，玩家还可在特定地点遭遇闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟，它们分别出现在无人发电厂、双子岛和灯火山。建议携带同步特性的宝可梦以控制其性格，并使用黑色眼神或催眠术防止逃跑。完成全部隐藏内容后，玩家可继续完善图鉴或尝试不同的队伍搭配，例如全属性专精队伍或主题战术组合，以保持游戏的新鲜感。
